骨质疏松的治疗药物主要有几大类：双膦酸盐、降钙素、选择性雌激素受体调节剂、雌激素、维生素D、钙制剂、中药等。绝大多数的骨质疏松药物是相对安全的，副作用较少。长期服用骨质疏松的治疗药物所产生的副作用根据服药类型以及服用者个人体质来决定。
口服双膦酸盐的主要不良反应是各种上消化道反应，使用静脉制剂的患者还可能出现一过性的流感样症状，如发热、骨痛、肌痛等，极少数患有严重口腔疾病或者接受口腔手术的患者可能出现下颌骨坏死。
降钙素的主要不良反应是纳差，恶心和面色潮红。过敏反应比较罕见。
选择性雌激素受体调节剂的主要不良反应是潮热。雌激素替代治疗主要的不良反应是出现乳房肿胀、体重增加以及情绪不稳定等。长期使用有增加血栓形成的风险。另外需要医生检测乳房和子宫的情况。
钙剂的不良反应较少，适当剂量的钙剂可以和肠道草酸结合形成草酸钙不被人体吸收而由粪便排出体外，尿中草酸含量降低，形成肾结石的机会减少，过量的钙剂摄入可能会引起高钙血症和肾结石的风险。
维生素D是人体必须的一种维生素，存在于极少部分天然食物中，所以人体一般只能靠日晒和药物来补充维生素D，每日适当的维生素D摄入不仅可以预防和延缓骨质疏松进程，还有提高肌肉力量，降低跌倒风险，提高机体免疫能力等。长期大剂量的维生素D摄入也可能会导致高钙血症（极少见，正常小儿每日2-5万单位或每天每公斤体重单位，连用数周或数月就可以发生中毒）。
维生素D在体内经过肝肾两步羟化转变为骨化三醇发挥作用，正常成人的骨化三醇生理剂量是1ug左右，对于肝肾功能障碍或老年人群，需补充小剂量（0.25ug-0.5ug）的骨化三醇以预防和治疗骨质疏松。